云南中医药大学工会筹建于1985年11月。同年，中华人民共和国教育部、全国教育工会颁布《高等学校教职工代表大会暂行条例》，1986年6月我院召开了首届工会会员代表大会。至今已召开第六届工代会暨第五届教代会第一次会议。
本届工会委员会于2023年4月换届选举产生，工会委员会由9名委员组成。工会主席由学校党委祁苑红副书记兼任，常务副主席吴燕。同时选举产生了工会经费审查委员会、工会女职工委员会。学校设工会办公室，负责学校工会的日常工作。现有工会会员912人。
学校工会下设12个二级工会，即：职能部门工会；直属单位工会；基础医学院工会；中药学院工会；第一临床医学院工会；第二临床医学院工会；马克思主义学院工会；人文与管理学院工会；护理学院工会；民族医药学院工会；信息学院工会；后勤服务中心工会。每个二级工会委员会由3—7人组成，二级工会委员的换届与学校工会同期进行。
